Un fichier avec l'extension de fichier PDB est très probablement un fichier de base de données de programmes utilisé pour contenir des informations de débogage sur un programme ou un module, comme un fichier DLL ou EXE. Ils sont parfois appelés fichiers de symboles.
Le fichier mappe divers composants et instructions du code source à son produit final compilé, que le débogueur peut ensuite utiliser pour trouver le fichier source et l'emplacement dans l'exécutable auquel il doit arrêter le processus de débogage.
Certains fichiers PDB peuvent à la place être au format de fichier Protein Data Bank. Ce sont des fichiers texte brut qui stockent les coordonnées des structures protéiques.
D'autres fichiers PDB sont probablement créés au format de fichier Palm Database ou PalmDOC et utilisés avec le système d'exploitation mobile PalmOS; certains fichiers dans ce format utilisent plutôt l'extension de fichier .PRC. Un autre format possible est Tanida Demo Builder.
Comment ouvrir un fichier PDB
Différents programmes utilisent leur propre fichier PDB pour stocker les données dans une sorte de format de base de données structuré, de sorte que chaque application est utilisée pour ouvrir son propre type.
Geneious, Quicken, Visual Studio et Pegasus ne sont que quelques exemples de programmes qui pourraient utiliser un fichier PDB comme fichier de base de données. Radare et PDBparse peuvent également fonctionner.
Certains fichiers PDB sont stockés sous forme de texte brut, comme les fichiers de base de données de débogage de programme de Geneious, et sont entièrement lisibles par l'homme s'ils sont ouverts dans un éditeur de texte. Vous pouvez ouvrir ce type de fichier PDB avec n'importe quel programme capable de lire des documents texte, comme le programme Notepad intégré à Windows. Certains autres visualiseurs et éditeurs de fichiers PDB incluent Notepad ++ et Brackets.
Les autres fichiers PDB ne sont pas des documents texte et ne sont utiles que lorsqu'ils sont ouverts avec le programme auquel ils sont destinés. Par exemple, si le vôtre est lié d'une manière ou d'une autre à Quicken, essayez d'utiliser ce logiciel pour l'afficher ou le modifier. Visual Studio s'attend à voir un fichier PDB dans le même dossier que le fichier DLL ou EXE.
Vous pouvez afficher et modifier des fichiers PDB qui sont des fichiers Protein Data Bank, sous Windows, Linux et macOS avec Avogadro. Ces programmes peuvent également ouvrir le fichier: Jmol, RasMol, QuickPDB et USCF Chimera. Comme il s'agit de texte brut, vous pouvez également en ouvrir un dans un éditeur de texte.
Palm Desktop devrait pouvoir ouvrir ce fichier s'il est au format de fichier de base de données Palm, mais vous devrez peut-être d'abord le renommer pour avoir l'extension de fichier .PRC pour que ce programme le reconnaisse. Le calibre est une autre option.
Pour ouvrir un fichier PalmDOC PDB, essayez STDU Viewer.
Les fichiers Tanida Demo Builder s'ouvrent avec un programme portant le même nom.
Comment convertir un fichier PDB
Les fichiers de la base de données du programme ne peuvent probablement pas être convertis dans un format de fichier différent, du moins pas avec un outil de conversion de fichier ordinaire. Au lieu de cela, s'il existe un outil capable de convertir ce type de fichier, ce serait le même programme qui pourrait l'ouvrir.
Par exemple, si vous devez convertir votre fichier de base de données à partir de Quicken, essayez d'utiliser ce programme pour le faire. Ce type de conversion, cependant, est probablement non seulement de peu d'utilité, mais également non pris en charge dans ces applications de base de données (c'est-à-dire que vous n'avez probablement pas besoin de convertir ce type de fichier PDB dans un autre format).
Les fichiers Protein Data Bank peuvent être convertis en d'autres formats avec MeshLab. Pour ce faire, vous devrez peut-être d'abord le convertir en WRL avec PyMOL à partir du Déposez le > Enregistrer l'image sous > VRML menu, puis importez le fichier WRL dans MeshLab et utilisez le Déposez le > Exporter le maillage sous menu pour finalement convertir le fichier PDB en STL ou dans un autre format de fichier.
Si vous n'avez pas besoin que le modèle soit en couleur, vous pouvez exporter le fichier directement vers STL avec USCF Chimera (le lien de téléchargement est ci-dessus). Sinon, vous pouvez utiliser la même méthode que ci-dessus (avec MeshLab) pour convertir PDB en WRL avec USCF Chimera, puis exporter WRL en STL avec MeshLab.
Convertir PDB en PDF ou EPUB, si vous avez un fichier PalmDOC, est possible de plusieurs façons, mais le plus simple est probablement d'utiliser un convertisseur en ligne comme Zamzar. Vous pouvez télécharger votre fichier sur ce site Web pour avoir la possibilité de le convertir dans ces formats ainsi qu'en AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT et d'autres formats de fichiers eBook.
Pour convertir le fichier PDB au format FASTA, vous pouvez utiliser le convertisseur PDB en FASTA en ligne de Meiler Lab.
Il est également possible de convertir ce fichier en CIF (format d'informations cristallographiques) en ligne à l'aide de PDBx / mmCIF.
Vous n'arrivez toujours pas à ouvrir le fichier?
Les fichiers qui ne s'ouvrent avec aucun des outils ci-dessus ne sont probablement pas des fichiers PDB. Ce qui pourrait arriver, c'est que vous interprétez mal l'extension du fichier; certains formats utilisent un suffixe qui ressemble beaucoup à PDB lorsqu'ils ne sont vraiment pas liés et ne fonctionnent pas de la même manière.
Par exemple, un fichier PDF est un fichier document, mais la plupart des programmes ci-dessus ne rendront pas le texte et / ou les images correctement si vous essayez d'en ouvrir un avec ces logiciels. Il en va de même pour les autres fichiers avec des extensions de fichier orthographiées de la même manière, comme les fichiers DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO et WPD.
PBD est un autre qui appartient au programme EaseUS Todo Backup et n'est donc utile que lorsqu'il est ouvert avec ce logiciel.
Si vous n'avez pas de fichier PDB, recherchez l'extension de fichier de votre fichier afin de trouver le programme approprié qui l'ouvre ou le convertit.
Lecture avancée sur les fichiers PDB
Vous pouvez en savoir plus sur les fichiers de base de données de programmes à partir de GitHub et Wintellect.
Il y a aussi plus à apprendre sur les fichiers de la banque de données sur les protéines; voir Banque mondiale de données sur les protéines et RCSB PDB.