Extension de fichier .cram
Type de fichier Compressed Alignment File
| Développeur | EBI |
| Catégorie | Fichiers de données |
| Le format | Binary |
Qu’est-ce qu’un fichier CRAM?
Format de fichier d’alignement compressé développé par EBI, une station externe du Laboratoire européen de biologie moléculaire; stocke les alignements de lecture de séquences d'ADN courtes générés à partir d'aligneurs de lecture courts tels que BWA, BBMap et BLAT.
Le format de fichier CRAM est similaire au format de fichier BAM Alignment / Map (BAM), mais offre une meilleure compression de fichier et un format de conteneur binaire restructuré orienté colonne. Alors que les volumes de données augmentaient dans le domaine des logiciels génétiques, le format CRAM a été conçu pour réduire l'empreinte de disque des données d'alignement.
L'alignement de lecture court est le processus de déchiffrement d'où provient une séquence dans le génome. Cela peut être difficile car le génome de référence est plutôt grand et vous ne recherchez pas toujours des correspondances exactes dans le génome de référence. Les aligneurs de lecture courts sont utilisés pour rechercher d’énormes séquences à la recherche de correspondances et de quasi-correspondances. Comme les séquences sont si volumineuses, la compression fournie par des formats tels que CRAM est nécessaire pour que les tailles de fichier puissent rester gérables.
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