La structure d'un fichier R Markdown
Il y a trois parties dans un fichier .Rmd :
- En-tête : le texte en haut du document, écrit au format YAML.
- Sections markdown : le texte qui décrit votre flux de travail écrit en utilisant la syntaxe markdown.
- Blocs de code R : des morceaux de code R qui peuvent être exécutés et qui peuvent également être rendus à l'aide de knitr dans un document de sortie.
En-tête YAML (matière première)
Un fichier R Markdown commence toujours par un en-tête écrit à l'aide de la syntaxe YAML. Cet en-tête est parfois appelé " front matter ".
Il y a quatre éléments par défaut dans l'en-tête YAML de RStudio :
- title : le titre de votre document. Attention, ce n'est pas le même que le nom du fichier.
- author : qui a écrit le document.
- date : par défaut, c'est la date de création du fichier.
- output : dans quel format sera la sortie. Vous utiliserez html.
Notez qu'un en-tête YAML commence et se termine par trois tirets ---. Remarquez également que la valeur de chaque élément, titre, auteur, etc, est entre guillemets "value-here" à côté de l'élément. Un en-tête YAML peut être structuré différemment selon la façon dont vous l'utilisez.
R Markdown Text & Markdown Blocks
La deuxième partie d'un document R Markdown est le markdown lui-même qui est utilisé pour ajouter de la documentation à votre fichier (ou écrire votre rapport). Vous apprendrez le markdown dans le prochain tutoriel.
Comment créer un nouveau fichier R Markdown dans RStudio
Pour créer votre fichier .Rmd, procédez comme suit :
- Créez un nouveau fichier R Markdown et choisissez html comme format de sortie souhaité.
- Entrez un titre et un nom d'auteur (votre nom). Puis cliquez sur OK.
- Enregistrez le fichier en utilisant le format suivant : FirstInitial-LastName-document-your-science/.Rmd NOTE : le titre du document n'est pas le même que le nom du fichier.
- Cliquez sur le bouton "Knit HTML" dans RStudio
Si tout s'est bien passé, vous devriez avoir une sortie au format html (page web) après avoir appuyé sur le bouton knit. Notez que cette sortie html est construite à partir d'une combinaison de code et de documentation texte qui a été écrite en utilisant la syntaxe markdown.
Comment créer un PDF à partir de R Markdown
Pour créer un document PDF à partir de R Markdown, vous spécifiez le format de sortie pdf_document dans les métadonnées YAML :
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titre : "Habitudes"
Auteur : John Doe
date : 22 mars 2005
sortie : pdf_document
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A l'intérieur des documents R Markdown qui génèrent une sortie PDF, vous pouvez utiliser du LaTeX brut, et même définir des macros LaTeX.