Integrated Genome Browser
| Version (à partir de 2020-02-09)
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9 |
| Plate-formes | |
| Licence | Open Source |
| Catégorie | Scientific |
| Plus d'informations
(visitez le site de l'éditeur)
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Revue de logiciel
Fonctions principales
- Prend en charge divers formats de génome tels que GenBank et FASTA
- Interagissez avec les données avec des animations de zoom et de panoramique
- Accéder au génome et le charger à partir de sites QuickLoad
- Transformer les données en différentes formes de graphe
- Partager des données avec des collaborateurs via Dropbox
- Installer des plugins pour des fonctionnalités supplémentaires
Le navigateur de génome intégré (IGB) est un programme open source utilisé pour afficher et explorer de grands ensembles de données génomiques. Vous pouvez afficher divers formats de données, interagir avec vos données, créer des graphiques, enregistrer vos informations sous forme d'images et partager vos données avec des collaborateurs.
IGB vous permet d'afficher des données à partir d'annotations et de séquences alignées. Le programme prend en charge une variété de formats tels que FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband et GenBank. Vous pouvez prendre des données et les transformer en une variété de formes de graphiques, y compris des graphiques ne correspondant pas pour mettre en évidence les différences de données et des graphiques de profondeur pour montrer la couverture. Vous pouvez également interagir avec vos données via des animations de zoom et de panoramique IGB.
IGB vous permet d'accéder aux génomes et de les charger à partir de sites QuickLoad, qui sont de simples systèmes de répertoires, de séquences et d'autres fichiers de données à des fins de visualisation. IGB fournit des fonctionnalités avancées avec prise en charge de plug-in pour ajouter des fonctionnalités et une automatisation du flux de travail via l'utilisation de scripts. IGB vous offre également des fonctionnalités avancées pour le partage de vos données, qu'il s'agisse de les publier sous forme d'image JPEG, PNG ou SVG de haute qualité, ou de stocker des données dans Dropbox pour permettre à vos collaborateurs d'accéder à votre projet.
IGB est principalement utilisé par les chercheurs universitaires, les biologistes et les bioinformaticiens. Il fournit des outils avancés pour ouvrir une variété de formats de données génomiques, visualiser les données sous forme de différents graphiques et partager des données avec des collaborateurs. Malheureusement, le programme repose sur des subventions pour le développement continu, ce qui signifie que le soutien à la demande pourrait cesser à tout moment. Cependant, Integrated Genome Browser reste un programme performant et personnalisable pour les utilisateurs qui souhaitent explorer et analyser leurs données de génome.
Mise à jour: le 29 juin 2016
▶ Extension de fichier primaire
▶ Autres extensions de fichier utiliséesIntegrated Genome Browser 9
| Types de fichiers supportés | |
|---|---|
| .BED | UCSC BED Annotation Track File |
| .GB | GenBank Data File |
| .FASTA | FASTA Sequence File |
| .DAS | DeltaMaster Analysis Session |
| .SGR | SGR Genome Data File |
| .FA | FASTA Formatted Sequence File |
| .USEQ | USeq Genome Data File |
| .FAS | FASTA Sequence File |
| Formats de fichiers connexes supplémentaires |
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