Prism vous donne le choix d'enregistrer votre projet aux formats PZF, .PZFX et Compact PZF. Le fichier PZF est enregistré au format binaire et était le principal format jusqu’à la version 5 de Prism, qui l’a remplacé par le format PZFX. L'enregistrement au format PZFX présente plusieurs avantages. Toutefois, des problèmes ont été signalés lors de l'ouverture de fichiers PZFX envoyés par courrier électronique, qui ont été résolus en enregistrant les données Prism au format PZF plus ancien. De plus, les versions actuelles de Prism prennent toujours en charge le format PZF. Le format PZF compact est une autre alternative car il vous permet de sauvegarder votre projet Prism au format PZF, mais sans les résultats d'analyse (pour économiser de l'espace), qui devront être recalculés lors de l'ouverture du fichier.
GraphPad Prism est principalement utilisé par les biologistes, les étudiants et les spécialistes des sciences physiques et sociales des universités, des centres médicaux et des sociétés pharmaceutiques du monde entier. L’application propose des outils de graphisme scientifique, un ajustement de la courbe de régression non linéaire et des biostatistiques pour l’analyse de données et la génération de graphiques pouvant être publiés sur des sites Web, ainsi que les fichiers .DOCX et .PPTX .